土壤可以分为碱性、中性、酸性，但是生理碱性肥料并不是所有的土壤都能够适用，它最适用于酸性土壤。由于许多地方长期使用磷酸钙、铵态氮、氯化钾或硫酸钾等酸性或生理酸性化肥，导致了土壤酸化的加剧，土壤养分的失衡且肥力下降，这严重影响了作物的生长。同时，最适合作物生长的土壤PH值应该是中性的，所以，便需要生理碱性化肥的帮助。
生理碱性肥料有许多种，但最常用的是硝酸钠和硝酸钙。以硝酸钠来举例，当硝酸钠用于土壤时，作物吸收其中的硝酸根(NO3-)多于纳离子(Na+)，钠离子与作物交换出来的碳酸氢根(HCO3-)结合成碳酸氢钠，碳酸氢钠水解呈碱性，作物吸收硝酸根后在体内还原成氨的过程中消耗一定量的酸，作物为了保持细胞pH值的平衡而把多余的氢氧根(OH-)排出体外，从而使土壤碱性提高。
生理碱性肥料的使用也有许多要去注意的，如不能与铵态肥料混用，两者混用会产生氨气挥发，造成氮素损失，降低肥效;不能与速效磷肥混用，以免引起磷酸退化作用，降低磷肥肥效;不能与一些农药混合使用，如敌百虫等，会降低药效，从而达不到除虫除草的目的。还有一点要更加去注意，草木灰也是属于生理碱性肥料，它不能与铵态氮肥混合施用，或与人粪尿、圈肥等有机肥料混合，以防氮素挥发损失，导致草木灰失去肥效。
生理碱性肥料可以解决土壤酸化的问题，但并不能长期的使用。长期使用生理碱性肥料，会导致土壤的理化性质恶化和破坏土壤微生物的群落。所以要合理的使用生理碱性肥料，用量要适合，不能过度的去使用。同时，应该使用新型生理碱性肥料，使用传统的普通生理碱性肥料，很容易对土壤造成二次污染，这样对作物的损害将会更大，达不到让作物健康生长的目的。
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